暨南大学档案室现存的科研类档案形成于暨南大学科研管理和科研实践活动(主要是科研项目或课题研究活动)全过程，反映了暨南大学科研处、各院系、各研究所、研究中心等科研管理部门和科研业务部门的真实历史面貌和主要职能活动，对学校和社会当前与长远具有参考作用、凭证作用和研究价值。科研档案是衡量高等学校科研水平和教育质量的重要标志之一，是我校档案的主体、核心和重点之一。
档案收集的范围包括科研管理和科研项目(课题)活动中形成的、对学校和社会当前与长远具有参考价值和凭证作用的文件材料。其主要内容包括：综合管理、科研准备、研究实验、总结鉴定、申报奖励、推广应用等方面的文件材料。重点是本校承担的科研项目(课题)各个阶段形成的不同载体的文件材料，特别是研究实验阶段形成的作为研究成果依据的原始材料。
由于科研档案的两大组成部分——即科研管理文件和科研项目(课题) 材料——在形成过程、表现形式和管理方法等方面均存在着较大的差异。
我们将科研管理文件和科研课题材料分开管理。科研档案实体和档案目录都分两个系列：即科研综合管理档案和科研课题档案。
科研档案从1985年起从文书档案中独立，另立门类。
科研综合管理档案主要有：学校颁布的有关科研工作的规章制度，学校科研事业统计表，科研项目和科研成果统计报表，科研工作计划、总结，科研经费来源情况和科研经费结算，申报科学基金及有关批复，科研简报，历次科研工作会议材料，重点学科科研成果评审鉴定材料，学会工作和学术活动材料等等。1994年以前的科研综合管理档案中的科研行政管理文件材料大部分保管在党政类档案中。
科研课题(项目)档案，包括科研准备阶段、科研研究实验阶段、
总结鉴定阶段、申报奖励阶段和推广应用阶段等五个阶段的科研文件材料。科研课题档案以科研项目为立卷单位，将每个科研项目的科研文件材料进行系统整理，视其材料多少，一个项目组成一卷或多卷。综合档案室现存的科研课题档案始于1980年，在此前的科研课题档案由于历史的原因保存在研究人员个人手中或散失于别的院校单位，综合档案室现征集到解放前暨南大学的部分科研档案，如《南洋研究》等，保存在校史类。
科研课题档案包括了1980年以来暨南大学承担的国家级、省部级和部分地市(厅局)级项目的档案，还有部分获奖的其他经费来源的项目和研究者自选的项目科研档案。在已归档的科研课题档案中，共有129个获得国家、省、市(厅、局)级奖励的科研项目，已经归档了获奖奖状的复印件。
在这些科研课题档案中，有许多重要的科研成果档案，特别是“七·五”、“八·五”以来，不仅数量不断增加，而且层次也有了提高。现综合档案室保管的较重要的科研成果档案有(仅以理工医学科为例)：
我校生殖免疫研究中心自“七、五”以来连续承担国家攻关项目，刘学高教授主持的“HCG避孕疫苗的研究”被定为国家级“八、五”重点科技攻关项目，形成了以生育调节疫苗为特色的研究方向，其研究成果多次获奖，1990年11月“HCG避孕疫苗的研究”项目)第一次通过国家计划生育委员会专家组的验收，获国家计委、国家科委、财政部授予“先进集体”的称号，刘学高教授被国家计划生育委员会授予“‘七·五’期间计划生育科研先进工作者”称号。1992年，刘学高，潘善培、谭驰、朱伟杰的“绒毛膜促性线激素避孕疫苗”项目和“HCG避孕疫苗研究”项目，分别获得国家计生委科技攻关成果奖二等奖和科技进步奖三等奖。朱伟杰的论文《人类精子冷冻生物学特征与冷冻保存技术的比较研究》，获世界计划生育与健康联合会1989年“人类精液冷冻生物学奖”，是我国第一个获得该奖项的学者。1996年，该项目被国家计委、国家科委、国家财政部联合授予国家“八·五”科技攻关重大科技成果奖，刘学高被评为“国家八·五科技攻关先进个人”，受到江泽民等党和国家领导人接见。
林剑教授从1989年着手进行“碱性成纤维细胞生长因子(BFGF)”
的研究开发工作，由他主持的“重组碱性成纤维细胞生长因子(BFGF)”项目被列入国家级“八·五”科技攻关项目。1994年，林剑、何俭等的“碱性成纤维细胞生长因子的研究与开发”，获广东省政府科技进步奖二等奖，广东省高教科技进步奖一等奖。该项目在1996年3月5日，通过了国家科委、国家教委、国务院侨办和省科委共同主持、组织的验收，获得国家级新药证书。并被国家计委、国家科委、国家财政部联合授予 国家“八·五”科技攻关重大科技成果奖。林剑教授被评为“国家八、五科技攻关先进个人”，受到江泽民等党和国家领导人接见。林剑教授主持的“重组碱性人成纤维细胞生长因子(rhbFGF)”被列入国家“九·五”科技攻关项目和“九·五”期间重点开发的十个一类新药之一。
水生生物研究所齐雨藻教授主持的“中国东南沿海赤潮发生机理研究”，是我校获得的第一个国家自然科学基金重大项目，该项目产生多项成果都已获奖，使我校跨进了全国获重大项目的18所大学的行列。齐雨藻的“南海赤潮生物与赤潮成因分析研究”1993年获广东省高教局二等奖，齐雨藻、吕颂辉等的“南海赤潮藻类和海洋褐细胞类赤潮”，获国家教委1994年科技进步奖二等奖。我校生物医学工程研究所，是全国高校中唯一的生物医学材料研究基地。该所已研制生产或转让生产了人工鼻、人工颌骨、血泵泵管，腹膜透析管、脑积液引流管、隐形眼镜用眼药水、人工泪液、隐形眼镜、心血管气囊扩张导管等10多种高新技术产品。
除了上面提到的重大科研成果档案以外，我室还保管有大批获得部委级、省级奖励的科研成果档案。其中较重要的有：李楚杰的专著《冷伤》获全国科技大会科研成果一等奖，李楚杰教授从事的发热机理系列研究项目多次获各级奖励；赵永铿的《实用皮肤病学》一书获全国科技图书出版一等奖和广东省高教局科技进步二等奖；何镇陆的“功率步进电动机晶体管驱动原理及应用研究”，1986年获国家教委科技进步二等奖；周端赐的“反渗透技术在工业上的应用”、化学系施义鎏的“简易差热分析仪”、邹翰的“医用(体内)硅橡胶制品的研制”等项目在获奖同时，还在社会上推广使用。黄秉栓“脑血管紧张素、脑多巴胺及脑心房肽的中枢作用”，获国家教委1986年科技进步奖二等奖。徐锦堂、李辰“异种角膜移植”的研究，获国家教委1990年科技进步奖一等奖。1992年，冯德雄、周端赐、吴应亮、杨培慧、白燕、杨德玉、阮湘元等的“电位溶出分析法的理论和应用研究”，获国家教委科技进步奖三等奖；万舒民“新的固体原子间的势能函数及其在研究固体弹性和热膨胀与微观结构关系中之应用”，获广东省人民政府自然科学奖三等奖。1994年，司徒锐、王惠华“肿瘤侵袭转移中瘤细胞外间质相互关系及其体：内侵袭模型的系列研究”，获国家教委科技进步奖三等奖；金建“信息产业经济学研究”获国家教委科技进步奖三等奖；许庚的“长年性鼻炎的组织病理学研究”，获国家教委科技进步奖三等奖。冯泽康的《中国十五城市不同胎龄新生儿体格发育调查研究》，获国家卫生部1990年科技进步奖三等奖、湖南省1989年医药卫生科技成果二等奖；吕培锟1987年获国际牙医学会最高荣誉“金钥匙奖”，在联合国技术信息促进系统(nPS)中国国家分部于1995年主办的“发明创新科技之星”评选活动中，吕培辊的《先天性腭裂治疗恢复语音的正确途径》获得该项奖励，并被选入国家科委《中国八五科技成果选(199l—1995)》和香港贸易局等出版的《中华优秀专利、技术精选》。刘人怀的“夹层板壳的非线性理论与计算”、李楚杰、陆大祥等的“发热中枢介质的研究”、任邦哲、刘誉的“广东异常血红蛋白及其分子病理学研究”等项目1994年获国务院侨办首届科技进步奖一等奖。王声涌等的“城市交通事故的流行病学研究及治理意见”、金建的 “信息产业结构变动规律及其信息生产力理论问题”、王自能的“人子宫内膜的超微结构研究”、郁知非的“现代血液病学及临床血液病学最近进展”获1994年获国务院侨办首届科技进步奖三等奖。张春麟的“广东省核电站放射性本底研究”获广东省政府1994年科技进步奖二等奖。张金茹、王海刚等的“计算机辅助教学和教学管理”获广东省政府科技进步奖三等奖、广东高教科技进步奖二等奖。欧阳政、蔡端仁等的“生物体中有机硒和有机筛的分析研究”，获广东省自然科学奖三等奖、广东高教科技进步奖二等奖。杞桑、黄伟健等的“珠江三角洲水污染生态及治理对策的研究”，获广东高教科技进步奖三等奖。阮惠板的“用周丛微生物群落评价水污染的模式识别法”，获广州市环境保护科技进步奖一等奖。杨美玲等的“红丝线草的有效成分的药理研究”获广东省科委三等奖、省卫生厅三等奖。林谷辉的“中国人脑损害与双语失语研究”获卫生部1997年科技进步二等奖。1997年附属医院徐锦堂与中山医科大学联合项目，题为“表面角膜镜片术的系列研究”获国家科技进步奖。1999年生物工程研究所林剑、李校坤的科研课题“几种生长因子调控创伤修复机理及其应用研究”获国家科技进步奖。2003年暨南大学药学院李校?等“慢性疮面溃疡机理研究”获国家科学技术奖。2005年暨南大学临床学院的尹良红等“JH2000血液透析机”获第十五届全国发明博览会金奖。同年暨南大学理工学院的欧阳东的“一种稻壳焚烧装置及其产出的纳米结构SiO2”获法国盟威发明博览会金奖，获第十五届全国发明博览会银奖。2006年暨南大学理工学院陈长缨等的“空分多址可见光无线接入系统”获第十六届全国发明博览会银奖。暨南大学理工学院李明玉等的“一种固体复合硫酸铁的生产方法”获第十六届全国发明博览会理工学院金奖。自1997-2007年，仅自然科学部分，学校各有关单位分别获国家、教育部、国务院侨办、广东省、市等科研单位授予的技术发明、基础理论、科技进步奖项有144项。
2012年，学校全面实施“宁静致远工程”，积极为科研人员营造可以潜心治学的良好校园环境。经过一年多的扎实工作，2012年学校在2011年科技项目经费增至2.7亿元并取得多项突破的情况下，科研工作继续取得进步，科研项目经费达到2.85亿元，较2011年增长6.04%；重大项目在量和质上都有显著提高，实现多项突破。
2012年，学校获批科研项目512项，项目经费2.85亿元。获批基础类项目209项，项目经费7901.1万元，其中“973”课题6项，项目经费464万元；国家自然科学基金委资助项目128项，较2011年增加20项，获批项目经费达6942.3万元，较2011年增长46%，并在青年项目、重点项目、国际合作项目上取得突破；获批省资金项目44项，项目经费298万元，同比36.7%。获各类科技攻关类项目11项，获批经费7556万元。其中国家级重大项目9项，获批经费2541万元，同比增长28.6%；省部级重点重大项目获批经费6565万元，同比增长48%；厅局级项目获批经费470万元。获批中央高校基本科研业务费1910万元。签订横向项目合同经费11123万元。
2013年，学校获批科研经费2.93亿元，增长3%。获批基础类项目183项，经费11351.5万元，同比增长47.4%；其中获国家自然科学基金会资助项目109项，获批经费6068.5万元。获批各级纵向科技计划项目59项，经费5483万元。获拨中央高校基本科研业务费2740万元。签订横向项目113项，获批金额达到13046万元。
2013年，首次获“863”计划重大项目和国家自然科学基金优秀青年科学基金各1项；获国家科技部“863”计划-青年科学家专题资助项目3项（广东省共5项）；获广东省自然科学基金杰出青年项目5项、广东省自然科学基金研究团队项目2项。
学术交流活动是科研活动的主要内容，学校科研培育与创新基金中专门设置了“学术交流专项”，加大学术交流资助力度，组织和推动国际合作，营造宁静的学术氛围，以助“致远”。支持学术交流报告会158场次，支持学术交流会728场次，比2010年翻了一番。
截至2015年，科研档案共有2979卷，6583件文件，其中永久2130卷，长期841卷，短期8卷。